مرض الورم الحبيبي المزمن عبارة عن شكل نادر من نقص المناعة الأولي، يتميز بظهور الأورام الحبيبية (الإصابات الالتهابية) وبارتفاع الميول للظواهر المعدية. من الممكن أن يظهر من السنوات الأولى من العمر مع الالتهابات الفطرية والبكتيرية المتكررة، وخصوصًا تلك التي تصيب العقد الليمفاوية والرئتين والجهاز الهضمي والجهاز البولي التناسلي (ولكن يمكن أن يتأثر أي جزء من الجسم)، مما يتسبب في تطور حبيبي في المناطق المصابة موضعيًا، مما قد ينتج عنه تلف الأعضاء والأنسجة. في أساس الطريقة المسببة للأمراض، يوجد خلل في الخلايا البلعمية، وأنواع معينة من كرات الدم البيضاء، المسؤولة عن دمج الكائنات المسببة للأمراض وتدميرها من خلال إنتاج أنواع الأكسجين التفاعلية (يسمى المركب الإنزيمي المسؤول عن هذا النوع من المناعة نيكوتيناميد أدينين ثنائي نوكليوتيد الفوسفات أوكسيديز). إذا كانت هذه الطريقة خاطئة، فلن تكون البلعمة قادرة على قتل مسببات الأمراض: سيؤدي ذلك إلى تكوين أورام حبيبية (عقيدات ذات طبيعة التهابية، في هذه الحالة من أصل معدي) مليئة بخلايا الجهاز المناعي، مع الهدف من عزل العامل المسبب للمرض من الأنسجة السليمة.

تم تحديد العديد من الجينات المساهمة في بداية مرض الورم الحبيبي المزمن. من بين هذه، السيتوكروم ب 245 سلسلة ألفا، والسيتوكروم ب 245 سلسلة بيتا، والعامل الخلوي للعدلة 1، والعامل الخلوي للعدلة 2، والعامل الخلوي للعدلة 4، تبدو أنها الأهم والمسؤولة عن الأشكال الصبغية المتنحية، في حين أن الشكل المرتبط بالكروموسوم إكس مرتبط بالجين السيتوكروم ب 245 سلسلة بيتا. في الحالات التي لا يرتبط فيها المرض بأي طفرة جينية، تظل الأسباب غير معروفة.